Authors: Strillacci MG, Frigo E, Schiavini F, Samoré AB, Canavesi F, Vevey M, Cozzi MC, Soller M, Lipkin E, Bagnato A
(Contact: alessandro.bagnato@unimi.it ) Affiliation: Department of Health, Animal Science and Food Safety (VESPA), University of Milan, Via Celoria 10, Milan, 20133, Italy Title: Genome-wide association study for somatic cell score in Valdostana Red Pied cattle breed using pooled DNA Journal: BMC Genetics, 15: 106 (2014)
DOI :
10.1186/s12863-014-0106-7 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Somatic cell score
Chr.1 : Asso:32352 , Asso:32353 , Asso:32354 , Asso:32355 , Asso:32356 , Asso:32357 , Asso:32358 , Asso:32359 , Asso:32360 , Asso:32361 , Asso:32362 , Asso:32363 , Asso:32364 , Asso:32365 , Asso:32366 , Asso:32367 , Asso:35984 , Asso:35985 . Chr.2 : Asso:32368 , Asso:32369 , Asso:32370 , Asso:32371 , Asso:32372 , Asso:32373 , Asso:32374 , Asso:32375 , Asso:32376 , Asso:32377 , Asso:35986 , Asso:35987 , Asso:35988 , Asso:35989 , Asso:35990 , Asso:35991 , Asso:35992 , Asso:35993 . Chr.3 : Asso:32378 , Asso:32379 , Asso:35994 , Asso:35995 , Asso:35996 , Asso:35997 , Asso:35998 , Asso:35999 . Chr.4 : Asso:32380 , Asso:32381 , Asso:32382 , Asso:32383 , Asso:32384 , Asso:36000 , Asso:36001 . Chr.5 : Asso:32385 , Asso:32386 , Asso:32387 , Asso:32388 , Asso:32389 , Asso:32390 , Asso:36002 , Asso:36003 . Chr.6 : Asso:32391 , Asso:32392 , Asso:32393 , Asso:32394 , Asso:32395 , Asso:36004 . Chr.7 : Asso:32396 , Asso:32397 , Asso:32398 , Asso:36005 . Chr.8 : Asso:32399 , Asso:36006 , Asso:36007 , Asso:36008 . Chr.9 : Asso:32400 , Asso:32401 , Asso:32402 , Asso:32403 , Asso:36009 . Chr.10 : Asso:32404 , Asso:32405 , Asso:32406 , Asso:32407 , Asso:36010 . Chr.11 : Asso:32408 , Asso:32409 , Asso:32410 , Asso:32411 , Asso:32412 . Chr.12 : Asso:32413 . Chr.13 : Asso:32414 , Asso:32415 , Asso:32416 , Asso:32417 , Asso:32418 . Chr.15 : Asso:32419 , Asso:32420 , Asso:32421 , Asso:32422 , Asso:32423 , Asso:32424 , Asso:32425 , Asso:32426 , Asso:32427 , Asso:32428 , Asso:32429 , Asso:32430 , Asso:32431 , Asso:32432 , Asso:32433 , Asso:32434 , Asso:32435 , Asso:32436 , Asso:32437 , Asso:32438 , Asso:32439 , Asso:32440 , Asso:32441 , Asso:32442 , Asso:32443 , Asso:32444 , Asso:32445 , Asso:32446 , Asso:32447 , Asso:32448 , Asso:32449 . Chr.16 : Asso:32450 , Asso:32451 . Chr.17 : Asso:32452 , Asso:32453 , Asso:32454 , Asso:32455 , Asso:32456 , Asso:32457 , Asso:32458 , Asso:32459 , Asso:32460 , Asso:32461 . Chr.19 : Asso:32462 , Asso:32463 , Asso:32464 , Asso:32465 , Asso:32466 , Asso:32467 . Chr.21 : Asso:32468 , Asso:32469 , Asso:32470 , Asso:32471 , Asso:32472 , Asso:32473 , Asso:32474 . Chr.22 : Asso:32475 , Asso:32476 , Asso:32477 , Asso:32478 , Asso:32479 , Asso:32480 . Chr.23 : Asso:32481 , Asso:32482 , Asso:32483 . Chr.25 : Asso:32484 , Asso:32485 , Asso:32486 , Asso:32487 . Chr.26 : Asso:32488 , Asso:32489 . Chr.27 : Asso:32490 , Asso:32491 , Asso:32492 . Chr.29 : Asso:32493 , Asso:32494 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (18) ,
Chr.2 (18) ,
Chr.3 (8) ,
Chr.4 (7) ,
Chr.5 (8) ,
Chr.6 (6) ,
Chr.7 (4) ,
Chr.8 (4) ,
Chr.9 (5) ,
Chr.10 (5) ,
Chr.11 (5) ,
Chr.12 (1) ,
Chr.13 (5) ,
Chr.15 (31) ,
Chr.16 (2) ,
Chr.17 (10) ,
Chr.19 (6) ,
Chr.21 (7) ,
Chr.22 (6) ,
Chr.23 (3) ,
Chr.25 (4) ,
Chr.26 (2) ,
Chr.27 (3) ,
Chr.29 (2) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Strillacci MG, Frigo E, Schiavini F, Samoré AB, Canavesi F, Vevey M, Cozzi MC, Soller M, Lipkin E, Bagnato A (2014). Genome-wide association study for somatic cell score in Valdostana Red Pied cattle breed using pooled DNA. BMC genetics, 15: 106;
Curated into QTLdb on 2015-01-09. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=DiPy8I1DhL
OR
Strillacci MG, Frigo E, Schiavini F, Samoré AB, Canavesi F, Vevey M, Cozzi MC, Soller M, Lipkin E, Bagnato A (2014). Genome-wide association study for somatic cell score in Valdostana Red Pied cattle breed using pooled DNA. BMC genetics, 15: 106; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12863-014-0106-7
