Authors:
Ring S C, Purfield D C, Good M, Breslin P, Ryan E, Blom A, Evans R D, Doherty M L, Bradley D G, Berry D P
(Contact: donagh.berry@teagasc.ie )
Affiliation:
Teagasc, Animal and Grassland Research and Innovation Centre, Moorepark, Fermoy, Co. Cork, Ireland
Title:
Variance components for bovine tuberculosis infection and multi-breed genome-wide association analysis using imputed whole genome sequence data
Journal:
PloS One, 14(2): e0212067 (2019)
DOI :
10.1371/journal.pone.0212067
Links:
PubMed | Abstract
| Copy data link
( Related study: none )
Click on each trait to browse further along the related trait ontology tree
Click on each chromosome number to find the detailed QTL information on that chromosome
Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Bovine tuberculosis susceptibility reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:167754 , Asso:167755 , Asso:167756 , Asso:167859 , Asso:167860 , Asso:167861 , Asso:167862 . Chr.2 : QTL:167685 , Asso:167695 , Asso:167696 , Asso:167757 , Asso:167758 , Asso:167759 , Asso:167760 , Asso:167761 , Asso:167762 , Asso:167763 , Asso:167764 , Asso:167765 , Asso:167766 , Asso:167767 , Asso:167768 , Asso:167769 , Asso:167770 , Asso:167771 , Asso:167772 , Asso:167773 , Asso:167774 , Asso:167775 , Asso:167776 , Asso:167777 , Asso:167778 , Asso:167779 , Asso:167780 , Asso:167781 , Asso:167782 , Asso:167783 , Asso:167784 , Asso:167785 , Asso:167786 , Asso:167787 , Asso:167788 , Asso:167789 , Asso:167790 . Chr.3 : Asso:167791 , Asso:167863 . Chr.4 : Asso:167864 , Asso:167865 , Asso:167866 , Asso:167867 , Asso:167868 , Asso:167869 , Asso:167870 , Asso:167871 , Asso:167872 , Asso:167873 , Asso:167874 . Chr.5 : Asso:167697 , Asso:167792 , Asso:167793 , Asso:167794 , Asso:167795 , Asso:167875 , Asso:167876 , Asso:167877 , Asso:167878 , Asso:167879 , Asso:167880 . Chr.6 : Asso:167671 , Asso:167672 , QTL:167686 , Asso:167698 , Asso:167699 , Asso:167700 , Asso:167701 , Asso:167703 , Asso:167704 , Asso:167705 , Asso:167706 , Asso:167707 , Asso:167708 , Asso:167709 , Asso:167710 , Asso:167711 , Asso:167712 , Asso:167713 , Asso:167714 , Asso:167715 , Asso:167716 , Asso:167717 , Asso:167718 , Asso:167719 , Asso:167720 , Asso:167721 , Asso:167722 , Asso:167723 , Asso:167724 , Asso:167725 , Asso:167726 , Asso:167727 , Asso:167728 , Asso:167729 , Asso:167730 , Asso:167731 , Asso:167732 , Asso:167733 , Asso:167734 , Asso:167735 , Asso:167736 , Asso:167737 , Asso:167738 , Asso:167739 , Asso:167740 , Asso:167741 , Asso:167742 , Asso:167743 , Asso:167744 , Asso:167745 , Asso:167746 , Asso:167747 , Asso:167748 , Asso:167881 , Asso:167882 . Chr.7 : Asso:167796 , Asso:167883 , Asso:167884 , Asso:167885 . Chr.8 : Asso:167797 , Asso:167886 , Asso:167887 , Asso:167888 . Chr.9 : QTL:167687 , Asso:167798 , Asso:167889 , Asso:167890 . Chr.10 : Asso:167676 , Asso:167677 , Asso:167891 , Asso:167892 , Asso:167893 , Asso:167894 , Asso:167895 , Asso:167896 , Asso:167897 , Asso:167898 , Asso:167899 , Asso:167900 , Asso:167901 , Asso:167902 , Asso:167903 , Asso:167904 , Asso:167905 , Asso:167906 , Asso:167907 , Asso:167908 , Asso:167909 , Asso:167910 , Asso:167911 , Asso:167912 , Asso:167913 , Asso:167914 , Asso:167915 , Asso:167916 . Chr.11 : Asso:167799 , Asso:167800 , Asso:167801 , Asso:167917 , Asso:167918 , Asso:167919 , Asso:167920 . Chr.12 : Asso:167802 , Asso:167803 , Asso:167804 , Asso:167805 , Asso:167806 , Asso:167807 , Asso:167808 , Asso:167809 , Asso:167810 , Asso:167811 , Asso:167812 , Asso:167921 , Asso:167922 , Asso:167923 , Asso:167924 , Asso:167925 , Asso:167926 . Chr.13 : QTL:167688 , Asso:167927 . Chr.14 : Asso:167928 , Asso:167929 , Asso:167930 , Asso:167931 , Asso:167932 . Chr.15 : Asso:167652 , Asso:167653 , Asso:167654 , Asso:167655 , Asso:167656 , Asso:167657 , Asso:167658 , Asso:167659 , Asso:167660 , Asso:167661 , Asso:167662 , Asso:167663 , Asso:167664 , Asso:167665 , Asso:167666 , Asso:167667 , Asso:167669 , Asso:167670 , Asso:167673 , Asso:167674 , Asso:167675 , Asso:167678 , Asso:167682 , QTL:167689 , Asso:167690 , QTL:167691 , Asso:167813 , Asso:167933 , Asso:167934 , Asso:167935 , Asso:167936 . Chr.16 : Asso:167814 , Asso:167815 , Asso:167816 , Asso:167817 , Asso:167818 , Asso:167819 , Asso:167820 , Asso:167821 , Asso:167822 , Asso:167823 , Asso:167824 , Asso:167825 , Asso:167826 , Asso:167937 , Asso:167938 , Asso:167939 , Asso:167940 , Asso:167941 , Asso:167942 , Asso:167943 , Asso:167944 , Asso:167945 , Asso:167946 , Asso:167947 , Asso:167948 , Asso:167949 , Asso:167950 , Asso:167951 , Asso:167952 , Asso:167953 , Asso:167954 , Asso:167955 , Asso:167956 , Asso:167957 , Asso:167958 , Asso:167959 , Asso:167960 , Asso:167961 , Asso:167962 , Asso:167963 , Asso:167964 , Asso:167965 , Asso:167966 , Asso:167967 , Asso:167968 , Asso:167969 , Asso:167970 , Asso:167971 , Asso:167972 , Asso:167973 , Asso:167974 , Asso:167975 , Asso:167976 , Asso:167977 , Asso:167978 , Asso:167979 , Asso:167980 , Asso:167981 , Asso:167982 , Asso:167983 , Asso:167984 , Asso:167985 , Asso:167986 , Asso:167987 , Asso:167988 , Asso:167989 , Asso:167990 , Asso:167991 , Asso:167992 , Asso:167993 , Asso:167994 , Asso:167995 , Asso:167996 , Asso:167997 , Asso:167998 , Asso:167999 , Asso:168000 , Asso:168001 , Asso:168002 , Asso:168003 , Asso:168004 , Asso:168005 , Asso:168006 , Asso:168007 , Asso:168008 , Asso:168009 , Asso:168010 , Asso:168011 , Asso:168012 , Asso:168013 , Asso:168014 , Asso:168015 , Asso:168016 , Asso:168017 , Asso:168018 , Asso:168019 , Asso:168020 , Asso:168021 , Asso:168022 , Asso:168023 , Asso:168024 , Asso:168025 , Asso:168026 , Asso:168027 , Asso:168028 , Asso:168029 , Asso:168030 , Asso:168031 , Asso:168032 , Asso:168033 , Asso:168034 , Asso:168035 , Asso:168036 , Asso:168037 , Asso:168038 , Asso:168039 , Asso:168040 , Asso:168041 , Asso:168042 , Asso:168043 , Asso:168044 , Asso:168045 , Asso:168046 , Asso:168047 , Asso:168048 , Asso:168049 , Asso:168050 , Asso:168051 , Asso:168052 , Asso:168053 , Asso:168054 . Chr.17 : Asso:167827 , Asso:167828 , Asso:167829 , Asso:167830 . Chr.18 : Asso:167831 , Asso:167832 , Asso:167833 , Asso:167834 , Asso:167835 , Asso:167836 , Asso:167837 , Asso:168055 . Chr.19 : Asso:167838 , Asso:167839 , Asso:167840 , Asso:167841 , Asso:167842 , Asso:167843 , Asso:167844 , Asso:167845 , Asso:167846 , Asso:167847 , Asso:167848 , Asso:168056 , Asso:168057 , Asso:168058 , Asso:168059 , Asso:168060 , Asso:168061 , Asso:168062 , Asso:168063 , Asso:168064 , Asso:168065 , Asso:168066 , Asso:168067 , Asso:168068 , Asso:168069 , Asso:168070 , Asso:168071 . Chr.20 : Asso:167849 , Asso:168072 , Asso:168073 , Asso:168074 , Asso:168075 , Asso:168076 , Asso:168077 , Asso:168078 , Asso:168079 . Chr.21 : Asso:168080 , Asso:168081 , Asso:168082 , Asso:168083 . Chr.23 : Asso:167668 , Asso:167679 , Asso:167680 , Asso:167681 , Asso:167683 , Asso:167684 , QTL:167692 , QTL:167693 , Asso:167749 , Asso:167750 , Asso:167850 , Asso:167851 , Asso:167852 , Asso:167853 , Asso:168084 , Asso:168085 , Asso:168086 , Asso:168087 , Asso:168088 , Asso:168089 , Asso:168090 , Asso:168091 , Asso:168092 , Asso:168093 . Chr.24 : Asso:167854 , Asso:168094 , Asso:168095 , Asso:168096 , Asso:168097 , Asso:168098 , Asso:168099 , Asso:168100 , Asso:168101 , Asso:168102 , Asso:168103 , Asso:168104 , Asso:168105 , Asso:168106 , Asso:168107 . Chr.25 : Asso:167855 , Asso:167856 , Asso:168108 . Chr.26 : Asso:168109 , Asso:168110 , Asso:168111 , Asso:168112 , Asso:168113 , Asso:168114 . Chr.27 : QTL:167694 , Asso:167751 , Asso:167857 , Asso:167858 . Chr.28 : Asso:168115 , Asso:168116 , Asso:168117 , Asso:168118 , Asso:168119 , Asso:168120 , Asso:168121 , Asso:168122 , Asso:168123 , Asso:168124 , Asso:168125 , Asso:168126 , Asso:168127 , Asso:168128 , Asso:168129 , Asso:168130 , Asso:168131 , Asso:168132 , Asso:168133 , Asso:168134 , Asso:168135 , Asso:168136 , Asso:168137 , Asso:168138 , Asso:168139 , Asso:168140 , Asso:168141 , Asso:168142 , Asso:168143 , Asso:168144 , Asso:168145 , Asso:168146 , Asso:168147 , Asso:168148 . Chr.29 : Asso:167752 , Asso:167753 , Asso:168149 , Asso:168150 , Asso:168151 , Asso:168152 , Asso:168153 , Asso:168154 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (7) ,
Chr.2 (37) ,
Chr.3 (2) ,
Chr.4 (11) ,
Chr.5 (11) ,
Chr.6 (55) ,
Chr.7 (4) ,
Chr.8 (4) ,
Chr.9 (4) ,
Chr.10 (28) ,
Chr.11 (7) ,
Chr.12 (17) ,
Chr.13 (2) ,
Chr.14 (5) ,
Chr.15 (31) ,
Chr.16 (131) ,
Chr.17 (4) ,
Chr.18 (8) ,
Chr.19 (27) ,
Chr.20 (9) ,
Chr.21 (4) ,
Chr.23 (24) ,
Chr.24 (15) ,
Chr.25 (3) ,
Chr.26 (6) ,
Chr.27 (4) ,
Chr.28 (34) ,
Chr.29 (8) .
Number of gene-based eQTL/associations: