Authors: Cortes-Hernández JG, García-Ruiz A, Peñagaricano F, Montaldo HH, Ruiz-López FJ
(Contact: fjrl@unam.mx ) Affiliation: PhD Program in Animal Health and Production Science, National Autonomous University of Mexico, Mexico, CDMX, Mexico Title: Uncovering the genetic basis of milk production traits in Mexican Holstein cattle based on individual markers and genomic windows Journal: PLoS One, 20(2): e0314888 (2025)
DOI :
10.1371/journal.pone.0314888 Links:
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QTL for Milk fat yield
Chr.1 : QTL:313426 , Asso:313633 , Asso:313655 . Chr.3 : QTL:313424 , QTL:313427 . Chr.5 : Asso:313638 , Asso:313642 , Asso:313643 , Asso:313647 , Asso:313649 , Asso:313650 , Asso:313670 , Asso:313672 . Chr.6 : QTL:313428 . Chr.10 : QTL:313429 . Chr.12 : Asso:313652 . Chr.14 : QTL:313379 , QTL:313381 , QTL:313386 , QTL:313388 , QTL:313398 , QTL:313422 , Asso:313632 , Asso:313634 , Asso:313636 , Asso:313637 , Asso:313639 , Asso:313641 , Asso:313645 , Asso:313646 , Asso:313648 , Asso:313651 , Asso:313656 , Asso:313657 , Asso:313658 , Asso:313659 , Asso:313660 , Asso:313661 , Asso:313662 , Asso:313663 , Asso:313664 , Asso:313665 , Asso:313666 , Asso:313667 , Asso:313668 , Asso:313669 , Asso:313671 , Asso:313673 , Asso:313674 , Asso:313675 , Asso:313676 , Asso:313677 , Asso:313678 , Asso:313679 , Asso:313680 . Chr.16 : Asso:313640 , Asso:313654 . Chr.18 : Asso:313635 . Chr.20 : QTL:313423 , QTL:313425 , QTL:313430 . Chr.22 : Asso:313653 . Chr.29 : Asso:313644 .
QTL for Milk fat percentage
Chr.5 : QTL:313433 , Asso:313555 , Asso:313560 , Asso:313570 , Asso:313581 , Asso:313592 , Asso:313594 , Asso:313605 . Chr.6 : QTL:313384 , QTL:313431 , QTL:313434 , Asso:313556 , Asso:313561 , Asso:313563 , Asso:313573 , Asso:313574 , Asso:313576 , Asso:313580 , Asso:313583 , Asso:313587 . Chr.14 : QTL:313380 , QTL:313382 , QTL:313387 , QTL:313389 , QTL:313399 , QTL:313432 , QTL:313435 , Asso:313554 , Asso:313557 , Asso:313558 , Asso:313559 , Asso:313562 , Asso:313564 , Asso:313565 , Asso:313566 , Asso:313567 , Asso:313568 , Asso:313569 , Asso:313571 , Asso:313572 , Asso:313575 , Asso:313577 , Asso:313578 , Asso:313579 , Asso:313582 , Asso:313584 , Asso:313585 , Asso:313586 , Asso:313588 , Asso:313589 , Asso:313590 , Asso:313591 , Asso:313593 , Asso:313595 , Asso:313596 , Asso:313597 , Asso:313598 , Asso:313599 , Asso:313600 , Asso:313601 , Asso:313602 , Asso:313603 , Asso:313604 , Asso:313606 , Asso:313607 , Asso:313608 , Asso:313609 , Asso:313610 , Asso:313611 , Asso:313612 , Asso:313613 , Asso:313614 , Asso:313615 , Asso:313616 , Asso:313617 , Asso:313618 , Asso:313619 , Asso:313620 , Asso:313621 , Asso:313622 , Asso:313623 , Asso:313624 , Asso:313625 , Asso:313626 , Asso:313627 , Asso:313628 , Asso:313629 , Asso:313630 , Asso:313631 . Chr.20 : QTL:313436 .
QTL for Milk protein percentage
Chr.3 : Asso:313471 , Asso:313488 , Asso:313520 , Asso:313525 . Chr.6 : QTL:313385 , QTL:313437 , QTL:313438 , QTL:313439 , QTL:313441 , QTL:313444 , QTL:313445 , Asso:313457 , Asso:313459 , Asso:313460 , Asso:313461 , Asso:313462 , Asso:313463 , Asso:313464 , Asso:313465 , Asso:313466 , Asso:313467 , Asso:313469 , Asso:313470 , Asso:313472 , Asso:313474 , Asso:313475 , Asso:313476 , Asso:313477 , Asso:313479 , Asso:313480 , Asso:313481 , Asso:313482 , Asso:313483 , Asso:313487 , Asso:313490 , Asso:313493 , Asso:313496 , Asso:313497 , Asso:313498 , Asso:313499 , Asso:313500 , Asso:313503 , Asso:313506 , Asso:313507 , Asso:313509 , Asso:313510 , Asso:313512 , Asso:313515 , Asso:313517 , Asso:313518 , Asso:313519 , Asso:313523 , Asso:313535 , Asso:313536 , Asso:313537 , Asso:313539 , Asso:313540 , Asso:313541 , Asso:313542 , Asso:313544 , Asso:313545 . Chr.14 : QTL:313383 , QTL:313390 , QTL:313400 , QTL:313440 , QTL:313442 , QTL:313446 , Asso:313468 , Asso:313484 , Asso:313485 , Asso:313486 , Asso:313489 , Asso:313491 , Asso:313492 , Asso:313494 , Asso:313495 , Asso:313504 , Asso:313505 , Asso:313508 , Asso:313511 , Asso:313514 , Asso:313516 , Asso:313521 , Asso:313522 , Asso:313524 , Asso:313526 , Asso:313527 , Asso:313528 , Asso:313529 , Asso:313530 , Asso:313531 , Asso:313532 , Asso:313533 , Asso:313534 , Asso:313538 , Asso:313543 , Asso:313546 . Chr.16 : Asso:313501 . Chr.20 : QTL:313443 , QTL:313447 , QTL:313448 , Asso:313458 , Asso:313473 , Asso:313478 , Asso:313502 , Asso:313513 .
QTL for Milk yield
Chr.2 : QTL:313415 . Chr.3 : QTL:313393 , QTL:313408 , QTL:313412 . Chr.6 : QTL:313409 , QTL:313413 , QTL:313416 , Asso:313681 , Asso:313699 . Chr.7 : QTL:313395 , QTL:313410 , QTL:313417 . Chr.10 : QTL:313418 , Asso:313684 , Asso:313685 , Asso:313692 . Chr.13 : QTL:313419 . Chr.14 : QTL:313397 , QTL:313414 , Asso:313682 , Asso:313683 , Asso:313687 , Asso:313688 , Asso:313689 , Asso:313690 , Asso:313691 , Asso:313694 , Asso:313695 , Asso:313697 , Asso:313701 , Asso:313702 , Asso:313703 . Chr.20 : QTL:313391 , QTL:313411 , QTL:313420 , QTL:313421 , Asso:313686 , Asso:313693 , Asso:313696 , Asso:313698 . Chr.29 : Asso:313700 .
QTL for Milk protein yield
Chr.1 : Asso:313550 . Chr.3 : QTL:313394 , QTL:313401 , QTL:313403 . Chr.7 : QTL:313396 . Chr.9 : QTL:313404 . Chr.12 : Asso:313549 . Chr.14 : Asso:313552 , Asso:313553 . Chr.16 : Asso:313548 . Chr.17 : QTL:313405 . Chr.20 : QTL:313392 , QTL:313402 , QTL:313406 , QTL:313407 , Asso:313547 . Chr.22 : Asso:313551 .
QTL for Somatic cell score
Chr.6 : QTL:313449 , QTL:313450 , QTL:313452 , QTL:313453 . Chr.13 : QTL:313454 . Chr.14 : QTL:313455 . Chr.15 : QTL:313451 . Chr.20 : QTL:313456 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (4) ,
Chr.2 (1) ,
Chr.3 (12) ,
Chr.5 (16) ,
Chr.6 (79) ,
Chr.7 (4) ,
Chr.9 (1) ,
Chr.10 (5) ,
Chr.12 (2) ,
Chr.13 (2) ,
Chr.14 (162) ,
Chr.15 (1) ,
Chr.16 (4) ,
Chr.17 (1) ,
Chr.18 (1) ,
Chr.20 (26) ,
Chr.22 (2) ,
Chr.29 (2) .
Number of gene-based eQTL/associations:
