Authors: Martínez-Montes ÁM, Fernández A, Muñoz M, Noguera JL, Folch JM, Fernández AI
(Contact: anaisabel.fernandez@cibercv.es ) Affiliation: Departamento de Genética Animal, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA), Madrid, Spain Title: Using genome wide association studies to identify common QTL regions in three different genetic backgrounds based on Iberian pig breed Journal: PloS One, 13(3): e0190184 (2018)
DOI :
10.1371/journal.pone.0190184 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Loin weight
Chr.1 : QTL:153470 , Asso:153572 , Asso:153573 , Asso:153580 . Chr.2 : QTL:153474 , Asso:153584 , Asso:153587 . Chr.3 : Asso:153501 , Asso:153591 . Chr.4 : Asso:153592 . Chr.5 : QTL:153485 , Asso:153502 , Asso:153503 , Asso:153504 , Asso:153505 , Asso:153506 . Chr.6 : QTL:153479 , Asso:153522 , Asso:153606 , Asso:153607 , Asso:153609 , Asso:153610 , Asso:153703 , Asso:153704 , Asso:153705 , Asso:153706 , Asso:153707 , Asso:153708 , Asso:153709 , Asso:153710 , Asso:153711 , Asso:153712 , Asso:153713 , Asso:153714 , Asso:153715 , Asso:153716 , Asso:153717 , Asso:153718 , Asso:153719 , Asso:153720 , Asso:153721 , Asso:153722 . Chr.10 : Asso:153513 . Chr.15 : Asso:153654 . Chr.16 : Asso:153656 .
QTL for Shoulder weight
Chr.1 : Asso:153498 , Asso:153576 , Asso:153579 . Chr.4 : QTL:153475 , Asso:153593 , Asso:153594 , Asso:153595 . Chr.6 : QTL:153480 , QTL:153486 , Asso:153507 , Asso:153508 , Asso:153510 , Asso:153614 , Asso:153617 , Asso:153619 . Chr.7 : QTL:153482 , Asso:153564 , Asso:153625 , Asso:153626 , Asso:153628 . Chr.10 : Asso:153635 . Chr.11 : QTL:153495 , Asso:153566 , Asso:153567 , Asso:153568 , Asso:153639 . Chr.15 : QTL:153492 , Asso:153530 , Asso:153531 , Asso:153532 , Asso:153533 , Asso:153534 , Asso:153535 , Asso:153536 , Asso:153537 , Asso:153538 , Asso:153539 , Asso:153686 , Asso:153687 , Asso:153688 , Asso:153689 , Asso:153690 , Asso:153691 , Asso:153692 , Asso:153693 , Asso:153694 , Asso:153695 , Asso:153696 , Asso:153697 , Asso:153698 , Asso:153699 , Asso:153700 , Asso:153701 , Asso:153702 . Chr.16 : Asso:153658 .
QTL for Body weight
Chr.1 : QTL:153471 , Asso:153497 , Asso:153574 , Asso:153575 . Chr.2 : QTL:153493 , Asso:153542 , Asso:153543 , Asso:153544 , Asso:153545 , Asso:153546 , Asso:153547 , Asso:153588 . Chr.7 : Asso:153627 . Chr.8 : QTL:153490 , Asso:153523 , Asso:153524 , Asso:153630 , Asso:153661 , Asso:153662 , Asso:153663 , Asso:153664 , Asso:153665 , Asso:153666 , Asso:153667 , Asso:153668 , Asso:153669 . Chr.15 : Asso:153652 .
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.1 : QTL:153472 , Asso:153540 , Asso:153577 , Asso:153578 , Asso:153581 . Chr.2 : QTL:153473 , Asso:153541 , Asso:153583 , Asso:153585 , Asso:153586 , Asso:153589 . Chr.4 : QTL:153476 , QTL:153489 , QTL:153494 , Asso:153519 , Asso:153520 , Asso:153521 , Asso:153549 , Asso:153550 , Asso:153551 , Asso:153552 , Asso:153553 , Asso:153554 , Asso:153555 , Asso:153556 , Asso:153557 , Asso:153596 , Asso:153597 , Asso:153599 , Asso:153600 , Asso:153601 , Asso:153602 , Asso:153676 , Asso:153677 , Asso:153678 , Asso:153679 , Asso:153680 . Chr.5 : QTL:153477 , Asso:153603 , Asso:153604 . Chr.8 : Asso:153631 , Asso:153632 . Chr.9 : QTL:153491 , Asso:153525 , Asso:153526 , Asso:153670 , Asso:153671 , Asso:153672 , Asso:153673 , Asso:153674 , Asso:153675 . Chr.10 : Asso:153638 . Chr.11 : QTL:153487 , Asso:153514 , Asso:153515 , Asso:153640 . Chr.12 : Asso:153569 . Chr.13 : Asso:153529 , Asso:153651 . Chr.16 : QTL:153488 , Asso:153516 , Asso:153517 , Asso:153518 , Asso:153657 .
QTL for Ham weight
Chr.1 : Asso:153499 . Chr.2 : Asso:153500 , Asso:153548 . Chr.3 : Asso:153590 . Chr.6 : QTL:153478 , QTL:153481 , Asso:153509 , Asso:153511 , Asso:153512 , Asso:153558 , Asso:153559 , Asso:153560 , Asso:153561 , Asso:153562 , Asso:153563 , Asso:153605 , Asso:153608 , Asso:153611 , Asso:153612 , Asso:153613 , Asso:153615 , Asso:153616 , Asso:153618 , Asso:153620 , Asso:153621 , Asso:153622 , Asso:153623 , Asso:153624 , Asso:153659 . Chr.9 : Asso:153633 . Chr.10 : QTL:153483 , Asso:153634 , Asso:153636 , Asso:153637 .
QTL for Intramuscular fat content
Chr.1 : Asso:153582 . Chr.4 : Asso:153598 . Chr.7 : Asso:153629 . Chr.9 : Asso:153565 . Chr.13 : QTL:153484 , QTL:153496 , Asso:153527 , Asso:153528 , Asso:153570 , Asso:153571 , Asso:153641 , Asso:153642 , Asso:153643 , Asso:153644 , Asso:153645 , Asso:153646 , Asso:153647 , Asso:153648 , Asso:153649 , Asso:153650 , Asso:153660 , Asso:153681 , Asso:153682 , Asso:153683 , Asso:153684 , Asso:153685 . Chr.15 : Asso:153653 . Chr.16 : Asso:153655 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (18) ,
Chr.2 (19) ,
Chr.3 (3) ,
Chr.4 (32) ,
Chr.5 (9) ,
Chr.6 (59) ,
Chr.7 (7) ,
Chr.8 (15) ,
Chr.9 (11) ,
Chr.10 (7) ,
Chr.11 (9) ,
Chr.12 (1) ,
Chr.13 (24) ,
Chr.15 (31) ,
Chr.16 (8) .
Number of gene-based eQTL/associations:
