Authors: Wu P, Wang K, Zhou J, Chen D, Yang X, Jiang A, Shen L, Zhang S, Xiao W, Jiang Y, Zhu L, Zeng Y, Xu X, Li X, Tang G
(Contact: tyq003@163.com ) Affiliation: Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu 611130, Sichuan, China Title: Whole-genome sequencing association analysis reveals the genetic architecture of meat quality traits in Chinese Qingyu pigs Journal: Genome, 63(10): 503-515 (2020)
DOI :
10.1139/gen-2019-0227 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Meat color
Chr.X : Asso:239981 , Asso:239985 . Chr.1 : Asso:239968 , Asso:239994 , Asso:240004 , Asso:240005 , Asso:240006 , Asso:240007 , Asso:240008 , Asso:240009 , Asso:240010 , Asso:240011 , Asso:240012 , Asso:240044 . Chr.2 : Asso:239969 , Asso:239983 , Asso:239984 , Asso:240039 , Asso:240045 , Asso:240052 . Chr.4 : Asso:239970 . Chr.5 : Asso:239971 , Asso:239972 , Asso:239973 , Asso:240053 , Asso:240054 , Asso:240055 . Chr.6 : Asso:239974 , Asso:239975 , Asso:239976 , Asso:239977 , Asso:240013 , Asso:240014 , Asso:240015 , Asso:240016 , Asso:240017 , Asso:240018 , Asso:240019 , Asso:240020 , Asso:240021 , Asso:240022 , Asso:240023 , Asso:240024 , Asso:240025 , Asso:240026 , Asso:240027 , Asso:240028 , Asso:240029 , Asso:240030 , Asso:240031 , Asso:240032 , Asso:240035 . Chr.7 : Asso:239978 , Asso:239995 , Asso:239996 , Asso:240036 , Asso:240037 . Chr.8 : Asso:239982 , Asso:240000 , Asso:240001 . Chr.9 : Asso:239979 , Asso:240038 , Asso:240040 , Asso:240041 , Asso:240056 . Chr.10 : Asso:240046 . Chr.11 : Asso:239986 , Asso:239987 , Asso:240002 , Asso:240003 , Asso:240057 , Asso:240058 . Chr.12 : Asso:240042 , Asso:240047 . Chr.13 : Asso:239997 , Asso:240033 , Asso:240034 , Asso:240059 , Asso:240060 , Asso:240061 , Asso:240062 . Chr.14 : Asso:240048 , Asso:240063 , Asso:240064 . Chr.15 : Asso:239988 , Asso:239989 , Asso:239990 , Asso:239991 , Asso:239992 , Asso:239993 , Asso:239998 , Asso:239999 , Asso:240043 , Asso:240049 , Asso:240065 . Chr.16 : Asso:240050 . Chr.17 : Asso:239980 , Asso:240051 .
QTL for Muscle pH
Chr.X : Asso:240075 , Asso:240076 , Asso:240128 , Asso:240129 . Chr.1 : Asso:240066 , Asso:240077 , Asso:240078 , Asso:240079 , Asso:240080 , Asso:240081 , Asso:240082 , Asso:240094 , Asso:240095 , Asso:240116 , Asso:240130 . Chr.2 : Asso:240067 . Chr.4 : Asso:240083 , Asso:240084 , Asso:240085 , Asso:240086 , Asso:240096 , Asso:240097 , Asso:240098 , Asso:240099 , Asso:240100 , Asso:240117 , Asso:240118 , Asso:240119 , Asso:240120 . Chr.6 : Asso:240068 , Asso:240069 , Asso:240070 , Asso:240101 , Asso:240121 . Chr.7 : Asso:240087 . Chr.8 : Asso:240088 , Asso:240102 , Asso:240103 , Asso:240104 , Asso:240105 , Asso:240106 , Asso:240107 , Asso:240122 . Chr.9 : Asso:240089 , Asso:240108 . Chr.13 : Asso:240090 , Asso:240109 , Asso:240110 , Asso:240111 , Asso:240123 , Asso:240124 . Chr.14 : Asso:240071 , Asso:240072 , Asso:240073 , Asso:240074 , Asso:240091 , Asso:240092 , Asso:240112 , Asso:240113 , Asso:240125 , Asso:240126 . Chr.15 : Asso:240114 , Asso:240127 . Chr.17 : Asso:240093 , Asso:240115 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (6) ,
Chr.1 (23) ,
Chr.2 (7) ,
Chr.4 (14) ,
Chr.5 (6) ,
Chr.6 (30) ,
Chr.7 (6) ,
Chr.8 (11) ,
Chr.9 (7) ,
Chr.10 (1) ,
Chr.11 (6) ,
Chr.12 (2) ,
Chr.13 (13) ,
Chr.14 (13) ,
Chr.15 (13) ,
Chr.16 (1) ,
Chr.17 (4) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Wu P, Wang K, Zhou J, Chen D, Yang X, Jiang A, Shen L, Zhang S, Xiao W, Jiang Y, Zhu L, Zeng Y, Xu X, Li X, Tang G (2020). Whole-genome sequencing association analysis reveals the genetic architecture of meat quality traits in Chinese Qingyu pigs. Genome, 63(10): 503-515;
Curated into QTLdb on 2022-01-10. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=FyIb8P1PlX
OR
Wu P, Wang K, Zhou J, Chen D, Yang X, Jiang A, Shen L, Zhang S, Xiao W, Jiang Y, Zhu L, Zeng Y, Xu X, Li X, Tang G (2020). Whole-genome sequencing association analysis reveals the genetic architecture of meat quality traits in Chinese Qingyu pigs. Genome, 63(10): 503-515; DOI: https://dx.doi.org/10.1139/gen-2019-0227
